食用菌栽培過程中，因栽培環(huán)境的溫、光、水、氣失衡，出現(xiàn)生理性障礙，稱為生理性病害。
一、菌絲徒長
1.為害特征
食用菌發(fā)菌后至出菇前表現(xiàn)為氣生菌絲繁茂、濃密，冒出土層和菌袋外面，密集成片或成厚厚的菌絲層，俗稱“冒菌絲”、“菌被”或“菌皮”。
2.發(fā)生病因
（1）移接母種時，氣生菌絲挑的過多，并接種在含水量過高的原種栽培種瓶內，菌絲生長過濃密；
（2）管理不當。菇房高溫，通風不良，培養(yǎng)料表面濕度大，CO2濃度過高；
（3）培養(yǎng)料中含氮量偏高，菌絲進行大量營養(yǎng)生長；
（4）出菇期溫濕度十分適宜菌絲生長，菌絲開始二次生長，從生殖生長又轉入營養(yǎng)生長，造成代謝紊亂不能出菇。
3.預防措施
移接母種時，挑選半基內半氣生菌絲混合接種，防止氣生菌絲挑得過多；
加強菇房通風換氣，降低CO2濃度及空氣濕度；
培養(yǎng)基配比要合理，掌握適宜的碳氮比，防止氮營養(yǎng)過剩；
加大通風，促進菌絲倒伏，促進營養(yǎng)生長向生殖生長轉化；
在栽培過程中，一旦出現(xiàn)菌絲徒長的現(xiàn)象，就應立即加強菇房通風，降低二氧化碳濃度，降低培養(yǎng)濕度及料面濕度，以抑制菌絲生長，若菇床已形成菌被，應及時用刀破壞徒長菌絲以促進原基形成。
二、菌絲萎縮退化
1.為害特征
在食用菌栽培中，常有菌絲萌發(fā)后不吃料、發(fā)黃而萎縮，出菇階段出現(xiàn)菌絲、菇蕾，甚至子實體停止生長，逐漸萎縮、變干，甚至死亡的現(xiàn)象。
2.發(fā)生原因
（1）菌種質量差；菌種衰退，生活力弱。如轉管次數(shù)過多，或農(nóng)藥中毒等。
（2）高溫燒菌; 在發(fā)菌后期，由于菌絲代謝旺盛，能量的釋放會更多，料內溫度一般比室溫高2～5℃，如果菌袋內溫度過高，較長時間超過35℃以上，會造成菌絲死亡現(xiàn)象（圖1）。發(fā)生“燒菌”的菌袋表現(xiàn)為流黑色水、腐爛散袋、絕收等特征，嚴重危害食用菌生產(chǎn)。
（3）營養(yǎng)缺乏或不合理 多出現(xiàn)在播種之后3～5d。培養(yǎng)料配制或堆積發(fā)酵不當，培養(yǎng)料含氨量過高導致“氨中毒”而死亡。堆料配制時C/N不合適，發(fā)酵時間過長，培養(yǎng)料過于腐熟，產(chǎn)生酸化，都會造成培養(yǎng)料內菌絲萎縮成細線狀。
（4）培養(yǎng)料濕度過大或料壓得過實，造成通氣不良，菌絲長速慢；或培養(yǎng)料濕度過小，水分不足，菌絲細弱。
（5）蟲害 覆土和培養(yǎng)料都能帶入螨類害蟲，當蟲口密度大時，使菌絲斷裂而萎縮。
3．預防措施
選用長勢旺盛的優(yōu)質菌種；合理配制培養(yǎng)料；裝料時，松緊要適度，滅菌要及時；培養(yǎng)過程中，要給予最適宜的環(huán)境條件。
三、退菌
1.為害特征
菌種接入后，初期萌發(fā)生長等均正常，此后的菌絲發(fā)展也能按預計進行，但按時間推算，菌絲達生理成熟期即將進行轉化生長時，或者在出完一潮菇后，甚至有的在菌絲成熟前，菌絲逐漸失白，繼而消失（圖2），有的出菇也是“大腳形、雞爪狀”的畸形菇。
2．發(fā)生原因
種源種性退化，導致抗性下降，無法適應較高的培養(yǎng)溫度，加之基料水分偏高，在基料內部產(chǎn)生大量生物熱的情況下，菌絲自溶。
3．預防措施
（1）嚴把菌種關，母種轉管時，應對菌種進行脫毒處理，或引進脫毒菌種，并根據(jù)生產(chǎn)計劃控制菌齡，杜絕老化、退化現(xiàn)象發(fā)生。
（2）控制基料含水率在適宜水平，培養(yǎng)料的含水量在一定程度上決定了生產(chǎn)的生物學效率，但是隨著基料含水量的提高，發(fā)菌的技術難度也相應提高。初次栽培者最好“寧干勿濕”，以確保生產(chǎn)的成功，隨著技術水平的提高，逐漸加大水量，但最高不宜超過70%。
（3）高溫季節(jié)發(fā)菌時，盡量避免菌袋間過分擁擠，培養(yǎng)溫度不超過25℃。栽培時要協(xié)調好溫、濕、氣等因素，給菌絲生長創(chuàng)造良好的條件，使其健壯生長。
四、拮抗現(xiàn)象
1.為害特征
其表現(xiàn)為菌絲的尖端不再繼續(xù)發(fā)展，菌絲逐漸積聚，由白漸變?yōu)辄S，有一道明顯的菌絲線即拮抗線，或者由在菌絲的接壤處有一道明顯突起的菌絲線條形成。
2.發(fā)生原因
培養(yǎng)料含水量過高或過低或被雜菌感染。水分過高則菌絲前端與培養(yǎng)料有明顯的分隔線，培養(yǎng)料顏色較深；水分過低則生長菌絲與培養(yǎng)料的界限不明顯，培養(yǎng)料顏色較淺，菌絲生長前端不均勻、擴散也不整齊而且較為稀少；酸堿度不適合；用種量太少。
3.預防措施
配制培養(yǎng)料時嚴格按照各種食用菌生長要求的條件調節(jié)好培養(yǎng)料的含水量和pH，適量使用菌種。
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