經過多年快速發(fā)展，我國香菇產業(yè)形成了較好的產業(yè)基礎，總體發(fā)展趨勢是向好的。但是我們也應看到，產業(yè)發(fā)展中還存在一些問題，缺乏產業(yè)頂層設計，有些地區(qū)在發(fā)展香菇生產上存在一定的盲目性跟風，在人力、物力、財力上一次性投入過大。產業(yè)雖成規(guī)摸，但沒有建立起科學的產業(yè)鏈，產品沒有挙頭品牌，產業(yè)缺乏龍頭企業(yè)帶動，產品經銷沒有形成市場體系，缺少創(chuàng)新活力和可持續(xù)發(fā)展的后勁。
（一）環(huán)保壓力依然嚴峻
香菇栽培過程中滅菌環(huán)節(jié)需要應用到滅菌設備，滅菌過程會排放大量的廢氣，對周圍環(huán)境造成一定影響。近幾年，國家加大了環(huán)保督查力度，對環(huán)保不達標的企業(yè)進行整改或關停。未來相當長的時間內，國家生態(tài)環(huán)保的發(fā)展理念不會改變，對部分香菇生產企業(yè)來說，面臨廠房改造和設備升級和壓力。目前，行業(yè)內一些有實力的企業(yè)更換了環(huán)保、節(jié)能、無污染的生物質或燃氣滅菌設備，還有一些小型企業(yè)和種植戶因經濟上承擔不起，仍在使用燃煤為主滅菌設備，一方面與國家的環(huán)保政策相違背，會給環(huán)境造成影響；更重要的是存在雜菌容易感染、安全隱患等問題，不利于行業(yè)健康可持續(xù)發(fā)展。
（二）“大棚房”改造受盡牽連
從2018年下半年開始，國家加大了對農業(yè)“大棚房”整治的力度，對不符合農業(yè)設施用地的大棚房進行強制拆除。部分香菇生產企業(yè)受制于這項整治措施，在相關執(zhí)法部門“一刀切”的工作方式下，不少香菇種植大棚被強拆，一些企業(yè)或種植戶經濟上受到損失。
在我國遼寧、河北等香菇主產區(qū)，由于生產季節(jié)溫度過低，為滿足生產、看護人員的需求，會在建造香菇大棚時附帶建造看護房設施，這本是符合設施農業(yè)用地使用要求的。但是由于部分生產企業(yè)和種植戶在土地使用上存在手續(xù)不健全問題，有的沒有審批設施用地手續(xù)，有的直接建在了基本農田上，難免成為此次“大棚房整治”的對象。同時，也有一些產區(qū)在“大棚房整治”過程中存在“一刀切”“矯枉過正”的現象，把一些本不在整治范圍的香菇菌包廠、生產棚室列為強拆對象，給生產帶來較大影響。目前，遼寧等部分省市的食用菌協會為了維護行業(yè)和會員的切身利益，針對食用菌產業(yè)特點及生產所需的必要設施、場地等問題，進行了深入的研討，并書面向上級有關部門提出了一些意見和建議，希望能恢復生產，減少或挽回因“大棚房”拆遷而給菇農造成的損失。
（三）菌種市場管理混亂
近年來，我國部分產區(qū)香菇菌種因儲藏不當、轉代次數過多、培養(yǎng)環(huán)境改變等原因，出現了不同程度的退化現象，表現為菌絲發(fā)菌遲緩、子實體生長畸形、品質下降、產量下降等問題突出，嚴重影響香菇的生產效益。菌種市場亂象還表現為：菌種種類、品種、級別與標簽內容不符；質量低于國家規(guī)定的種用標準或低于標簽標注指標；菌種過期、變質；隨意起名，同種不同名、同名不同種，張冠李戴；自己分離、代數過多等等。
同時，一些小型菌種廠不具備生產資質，制作工藝匱乏，生產的菌種質量低下，因菌種質量問題導致的減產或絕收的現象每年在行業(yè)內都存在，給種植戶造成了很大損失。近期，遼寧省岫巖個別香菇基地使用0912菌種出現早熟情況，給種植戶造成了一定的損失。
（四）專業(yè)技術人才匱乏
香菇并非人人都可以種植成功，成品率和各關鍵環(huán)節(jié)技術管理都決定著種植的成敗。香菇生產需要多學科的建筑、氣象、微生物、發(fā)酵、加工、營銷等理論指導，要有技術專家指導作用。目前，香菇產業(yè)專業(yè)技術人才比較匱乏，在為數不多從事香菇科技研究的人才隊伍中，絕大多數又集中在香菇遺傳、育種和栽培技術研究上，針對香菇的經濟、市場、管理、物流、機械等全產業(yè)鏈的研究人員少之又少，制約著香菇產業(yè)持續(xù)、穩(wěn)定的發(fā)展。
今年以來，湖北、河南、陜西等地出現了香菇菌棒爛棒的情況，很多菇農把造成爛棒的原因歸結于天氣，氣溫升高所致，于是按照控溫的條件進行防治，殊不知最后沒起到多大的效果。相關專家分析菌棒燒棒的原因是由于內部菌絲體缺氧，呼吸不暢，導致生化途徑的歧化，最后引起菌絲體的中毒和活性下降，繼而引起死亡或繼發(fā)性感染。
（五）品牌意識淡薄
目前，香菇市場仍以鮮品和干品銷售為主，加工技術落后，產品單一。同時，香菇品牌產品宣傳推廣力度不夠，叫得響的品牌還比較少，遠不如雪榕、如意情、羲皇、華綠等金針菇知名品牌，能被消費者熟知。地方政府多是注重產業(yè)規(guī)模的提升，缺乏對區(qū)域公用品牌的創(chuàng)建和打造。行業(yè)品牌的缺失，造成香菇產業(yè)鏈條較短，市場競爭力不夠強大。
（六）缺少大企業(yè)引領創(chuàng)新
企業(yè)是科技創(chuàng)新的主體，但不是每個企業(yè)都能夠成為科技創(chuàng)新的主體。我國香菇產量雖然已經達到了900多萬噸，但生產主體仍是千家萬戶的菇農，是成百上千的小企業(yè)支撐起來的，缺乏具有創(chuàng)新意識、創(chuàng)新能力的大企業(yè)引領。正因為組成的個體小、相對投入的成本低，所以獲得的效益也少，不足以支撐創(chuàng)新，也無法做到合理長期規(guī)劃。
（七）生產中安全隱患頻發(fā)
香菇屬于傳統(tǒng)種植，受氣候、天氣影響較大。每年因為各種人為疏忽造成的香菇大棚著火事件時有發(fā)生，給種植戶造成較大的經濟損失。目前在不少香菇老產區(qū)，菇棚大都建造在遠離村莊的偏遠地方，周邊水源較少，再加上菇棚年久失修，存在較大的安全隱患，一旦遇到火災，后果不堪設想。2019年4月，遼寧岫巖縣接連發(fā)生兩起香菇大棚起火事件，共計28個香菇大棚受損，菇農一年的心血付之東流。
對于香菇大棚火災引發(fā)的原因，主要有三種：一是發(fā)菌棚取暖；二是電路風化；三是焚燒秸稈。所以菇農在香菇栽培過程中應該了解這些隱患，盡可能的進行排除和預防，減少火災事故的發(fā)生。
（八）應對市場風險能力較弱
近年來，隨著原材料、土地流轉、基建、人工、運輸等成本上漲，政府財政支持力度的不斷減小，行業(yè)內不少香菇生產企業(yè)生產經營困難。另外，一些企業(yè)設備設備需要更新換代，擴大規(guī)模，但由于缺少實體抵押物，向銀行貸款困難。在市場競爭越來越激烈的情況下，近幾年部分香菇企業(yè)面臨停產或轉賣。同時，香菇行業(yè)仍是以傳統(tǒng)種植模式為主，受氣候、菌種、市場、經銷等因素影響較大，菇農應對市場風險能力較弱，沒有產品定價權，一旦遇到不利因素，菇農很容易造成損失。
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