一、菌種不純。受菌種生產(chǎn)者知識和技術(shù)水平等限制，不能正確或及時鑒別雜菌和污染的菌種，不健康菌種用于栽培勢必會導(dǎo)致失敗或減產(chǎn)。

二、質(zhì)量不齊。由于菌種生產(chǎn)廠家的設(shè)施設(shè)備、培養(yǎng)條件和技術(shù)水平不同，生產(chǎn)出的菌種質(zhì)量有很大差異。正規(guī)菌種廠能夠生產(chǎn)出合格菌種，但小型及個體菌種廠生產(chǎn)出的菌種，質(zhì)量就不一定能得到保證，菇農(nóng)在引種時要到當(dāng)?shù)匦抛u好，技術(shù)力量有保障，通過省級認(rèn)證的廠家去購買。

三、菌種老化。由于不利外界環(huán)境因子的影響、生產(chǎn)程序不嚴(yán)格、菌種自身或誘發(fā)變異、雜菌或病毒感染、長期保存不注意選育復(fù)壯及無限度擴大培養(yǎng)等原因，導(dǎo)致食用菌品種退化或老化。主要表現(xiàn)在菌絲細(xì)胞生命力差、生長速度慢、菌齡延長、轉(zhuǎn)茬慢、產(chǎn)量低、抗雜、抗逆能力差、異常的生長、菇質(zhì)差等。

四、夸大種性。把推廣菌種的特性讓栽培者明確，是菌種生產(chǎn)廠家必須做到的事情，但一定要科學(xué)、準(zhǔn)確。在現(xiàn)實中，對所售菌種種性介紹含糊、夸大、牽強附會甚至欺騙的廣告、宣傳屢見不鮮。比如菌種的抗性，包括發(fā)菌階段對各種霉菌、出菇階段對不同侵染性病害的抗御能力，再好的品種，不會什么病都抗，籠統(tǒng)地說抗性強，是極不科 學(xué)的；又如生物轉(zhuǎn)化率，其高低 涉及的因素很多，一個高產(chǎn)菌株只有在大規(guī)模生產(chǎn)考驗中才具說服力，但有的廠家卻把菌種的生物轉(zhuǎn)化率提高到400%，顯然是誘騙；再如在溫型的描述中，只粗略地提供出菇的范圍就失去了意義，甚至是誤導(dǎo)等。

五、品種混亂。食用菌品種很多，常見的就有十幾個品種，一般一個菌種廠會同時生產(chǎn)幾個品種，很多情況因生產(chǎn)不規(guī)范、盲目追求效益，導(dǎo)致在生產(chǎn)過程中發(fā)生不同菌種混雜的現(xiàn)象。